扁桃体结石多发生于扁桃体隐窝，与扁桃体长期炎症刺激、隐窝引流不畅等因素有关，部分结石较小者一般无任何症状、不适，也就不会产生太大危害。但随着病情发展也可产生咽喉不适、口腔异味等危害，严重的可引发扁桃体炎症等疾病。
1、咽喉不适：扁桃体结石若未能及时发现，结石对扁桃体、咽喉等部位产生刺激，患者自觉咽部有异物，可伴有刺痛感，且由于结石体积较大，还可能在进食、吞咽时出现明显的阻挡感，部分病情严重者还有言语含糊不清、口涎增多等症状；
2、口腔异味：扁桃体结石长期存在并反复刺激扁桃体隐窝，隐窝周围组织充血、水肿，导致隐窝口狭窄，容易有食物残渣、脱落的细胞等滞留，进而出现口臭，甚至在咳嗽时吐出带有臭味的颗粒；
3、扁桃体炎症：未能及时去除扁桃体结石或结石体积较大，隐窝内细菌繁殖并刺激周围组织，出现炎症性反应，可导致患侧的扁桃体肿大，并出现咽痒、咳嗽、发热、恶寒等不适。
因此，患扁桃体结石应尽早进行治疗，以免引发其他身体不适，体积较小的结石可遵医嘱应用复方氯己定含漱液、复方硼砂含漱液等漱口，或用钳子、刮匙等将结石取出。而 体积较大的结石或者反复出现扁桃体炎症的患者，可咨询医生的建议，必要时经手术切除扁桃体，并应用阿莫西林胶囊、注射用头孢曲松钠等药物控制感染。日常注意避免食用辛辣刺激性食物，适当多饮温开水并勤刷牙、漱口，做好个人保暖、适当运动等，以促进机体恢复健康。