羊肚菌的菌盖表面脏污部分、菌柄基部、发霉变质部分、有虫蛀部分，以及与不明物质接触部分不能吃，可能因含有杂质、易残留有害物质或对人体消化吸收有特殊影响而不适合食用。
1、菌盖表面脏污部分：羊肚菌在生长过程中，菌盖表面可能会附着泥土、灰尘、微生物以及可能存在的农药残留等。如果不处理干净，随着食用进入人体，可能会引起胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹泻等，泥土中的有害物质可能会在体内蓄积，对健康造成长期潜在危害。
2、菌柄基部：菌柄基部通常与生长基质相连，容易沾染更多的杂质和细菌。在野外生长的羊肚菌，其菌柄基部可能还会带有无法分解的物质，进入人体后，可能会引发肠道感染或其他健康问题。菌柄基部的质地可能较硬，人体消化系统较难处理，食用后可能导致消化不良，所以在食用羊肚菌时，建议去除菌柄基部。
3、发霉变质部分：如果羊肚菌保存不当，出现发霉现象，发霉的部分绝对不能吃。霉菌在生长过程中会产生毒素，如黄曲霉毒素等，即使只食用少量发霉部分，也可能对身体造成严重损害，如损害肝脏细胞、破坏免疫系统等，严重影响身体健康，甚至可能危及生命，一旦发现羊肚菌有发霉迹象，应整株丢弃。
4、有虫蛀部分：羊肚菌如果受到虫害，虫蛀的部分可能会含有虫子的排泄物和尸体残留，含有大量细菌和可能的寄生虫卵，食用后会引起肠道感染，出现腹痛、腹泻等症状。而且虫蛀破坏了羊肚菌的内部结构，可能导致其他部分也受到污染，所以一旦发现有虫蛀现象，应将受影响的部分去除，避免食用。
5、与不明物质接触部分：在采集或运输过程中，如果羊肚菌与不明化学物质接触，如在运输时和有污染的包装材料接触，部分受到污染的羊肚菌就不能食用，不明化学物质可能会对人体的神经系统、呼吸系统、消化系统等造成损害，如引起头晕、呼吸困难、胃肠炎症等，所以对于来源不明或有可疑污染的羊肚菌，要谨慎处理，避免食用可疑部分。
日常生活中，购买时要选择正规渠道，确保羊肚菌质量安全。食用前要仔细检查和清洗，去除所有可能存在问题的部分。在保存时，要保持干燥、通风的环境，防止发霉和虫蛀。烹饪羊肚菌时，要保证厨具、餐具的清洁卫生。加工过程要充分加热，确保羊肚菌熟透，以杀死可能存在的细菌、寄生虫等，保障食用安全。