怀孕3个月胎心停止的原因有很多，包括胎儿因素、母体因素、环境因素等。胎心停止说明胚胎已经在宫内死亡，孕妇一般并不会出现比较明显的症状，可能会出现早孕反应的消失、口苦、口臭等症状，还会出现腹部不再继续增大，需要去医院进行B超检查进行确诊。
1、胎儿因素：主要由于染色体异常所造成，染色体异常可以是父母一方有染色体异常传给胎儿，也可能是由于胎儿在生长发育过程中受到外界因素影响，而发生染色体异常改变。常见的原因包括感染，如在宫内病毒的感染包括疱疹病毒、风疹病毒或巨细胞病毒等，或宫内细菌感染如淋病奈瑟菌感染等，还有对胎儿有明显不良副作用的药物如阿司匹林、非那西汀等。都可造成胎儿的胎心停止，导致胎儿出现先天畸形，损伤中枢神经以及大脑发育不全；
2、母体因素：如孕妇近期精神压力过大、卵巢功能比较差、子宫畸形等，或存在全身性疾病如病毒感染等。另外，孕妇因黄体功能不足，或雌激素、孕激素、绒毛膜促性腺激素等分泌不足，会造成胎儿停止发育。或者存在甲状腺功能低下、严重的糖尿病以及免疫抗体抵制胎儿的发育等，都会导致胎心停止；
3、环境因素：主要是物理、化学毒物接触较多，如指甲油、染发剂、甲醛等，孕妇处于有害物质的环境中，进行代偿性呼吸，使有害物质吸入，导致肝肾出现一定的损害，随着时间不断的延长，有害的物质可能会损伤胎盘的功能，导致胎心停止；
4、其他因素：如过量吸烟、酗酒、使用毒品等或胎盘出现梗死、老化以及早剥、脐带过长等，都会导致胎心停止。
建议孕妇如果发现胎心停止症状出现时，应及时就医进行引产、清宫等，不要过于紧张、焦虑以及抑郁，保证良好的心态、放松心情。在身体调养好后再积极备孕，备孕期的夫妇还应该及时做好体检、远离辐射，养成规律良好的生活习惯，防止胎儿畸形的发生。