造成孩子一上学就肚子疼的原因，通常考虑为学校恐惧症，也可能存在饮食不洁等方面的原因，需根据具体情况进行分析，必要时可带孩子去心理科或脾胃科就诊，以明确诊断。
1、学校恐惧症：为一种较严重的心理疾病，常因存在多种不良心理因素，使孩子害怕上学，进而出现一上学就肚子疼的现象，常见于胆小、敏感、爱面子的孩子。若家长、老师及本人期望过高，在校期间学习压力过大，或在人际交往方面出现问题，就可能对上学产生恐惧的心理。学校恐惧症为一种情绪障碍，而不是真正意义上，以及心理学上的恐惧症，通常只要不上学，或者上学当天没有压力，如不用考试、对成绩没有要求等，症状一般不会出现。孩子恐惧上学的压力，一般来源于家长和孩子之间的关系，如家长要求过于严格或对孩子的学习成绩要求过高等。此时应调整家长、老师、同学与孩子之间的关系，家长和老师可多与孩子进行沟通，必要时建议请专业心理医生治疗，及时进行心理疏导；
2、饮食不洁：如孩子在学校使用的水杯、餐具未每天清洗、消毒，以及存放水杯、餐具的地方被细菌、微生物感染，或者孩子每天在学校吃的食物过于辛辣刺激，如辣条等零食，均有可能引起一上学就肚子 疼。建议每天对孩子使用的水杯、餐具用开水煮沸进行消毒灭菌，保证饮食的安全。还应保持饮食清淡，少吃油腻、辛辣刺激的零食，多吃新鲜的水果、蔬菜，如苹果、梨、白菜、胡萝卜等。还要注意饭后不要立即剧烈运动，如跑、跳、打篮球，以及踢足球等。如情况特殊，也应至少休息30分钟后，再进行中低强度的运动。