金黄色葡萄球菌感染后可能引起肺炎、骨髓炎、皮肤软组织感染，甚至可以导致败血症、脓毒血症。对金黄色葡萄球菌比较有效的消炎药，包括青霉素类抗生素、头孢类抗生素及糖肽类抗生素等，需要由医生根据情况进行选择。
金黄色葡萄球菌分为对甲氧西林敏感葡萄球菌，以及对甲氧西林耐药葡萄球菌两种。如果感染对甲氧西林敏感的葡萄球菌，可以遵医嘱选择青霉素类抗生素，如苯唑西林钠胶囊、阿莫西林双氯西林钠胶囊等，或者选择头孢类药物治疗，如注射用头孢噻吩钠、注射用头孢唑林钠。此外，还可以遵医嘱选择红霉素软膏、利福平片等。
如果感染对甲氧西林耐药的葡萄球菌，通常可以遵医嘱选择糖肽类抗生素，如注射用盐酸万古霉素、注射用盐酸去甲万古霉素、注射用替考拉宁、利奈唑胺片进行治疗。临床首选注射用盐酸万古霉素，但部分严重肾功能不全的患者无法耐受万古霉素，也可以遵医嘱选择利奈唑胺片，或注射用达托霉素进行治疗。耐药金黄色葡萄球菌感染，病情通常较危重，可以联合利福平片、盐酸米诺环素胶囊等药物进行治疗。
另外，如果发生金黄色葡萄球菌感染，除了遵医嘱应用敏感抗生素进行治 疗以外。还需要在医生指导下积极治疗原发病，合并脓肿时应该进行穿刺引流。