对于新生儿吃什么乳糖酶好，通常没有严格的标准。但需要合理且正确地服用，乳糖酶吃得过多，可能会对新生儿产生一定的影响，有可能会加重胃肠道的负担，具体情况因人而异。
乳糖酶可以用于新生儿乳糖不耐受的治疗，并没有研究证明哪种乳糖酶好，只要是市面上通过食品生产许可的乳糖酶，一般都可以起到良好的作用，如黑曲霉和米曲霉发酵而成的乳糖酶。但是如果过量使用乳糖酶，可能会增加胃肠道负担，导致胃肠功能失调，从而造成矿物质和蛋白质的流失，在一定程度上可影响新生儿正常的生长发育。乳糖酶的正确服用方法分为母乳喂养与奶粉冲服，母乳喂养是每次喂奶前5-15分钟时，把乳糖酶用温水溶解后喂给新生儿，水的温度约在40℃以内，高温可能会破坏乳糖酶的结构，而达不到治疗效果，不要用开水溶解，否则可能无效。奶粉冲服时可以用温水溶解奶粉，乳糖酶可以直接加入奶粉中一同饮用。
乳糖酶合理应用可有效治疗乳糖不耐受，但是过量使用可能会对新生儿造成不良影响。因此，必须在专业医生的指导下遵医嘱规范使用。