L861Q突变属于临床较罕见的基因突变，治疗方案可能存在一定局限性，一般需要由专业医生根据具体情况使用药物治疗。临床常选择阿法替尼、达可替尼等靶向药物，制定相应用药方案，可以针对EGFR的结合给予阻断，控制病情进展。
L861Q突变选择药物多为二代靶向药，药物的结合强度相对强，能够带来更为有效的临床获益。另外，对于罕见位点治疗有一定的优势，较一代靶向药对L861Q突变效果较好，可适当提高患者的生存时间。除此之外，患者还可在医生指导下联合一代、三代靶向药共同治疗，如吉非替尼、奥希替尼等。
患者用药后应定期完善肺部CT、核磁共振等检查评估病变，判断治疗方案的有效性。根据患者的用药时间、用药效果等，还可适当对药物剂量、组合方式进行变化。