在患者身体可以耐受的情况下，胃镜和肠镜可以一起做，但通常建议在无痛状态下同时进行。做胃镜的目的是进一步明确食管、胃、十二指肠部分是否出现病变，做肠镜的目的是明确大肠是否存在病变。
1、胃镜检查：如果出现胃疼、胃酸、胃胀、恶心等胃部不适，或者家族有胃病史，可以考虑进行胃镜检查。胃镜主要用来检查上消化道疾病，如是否存在胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、反流性食管炎等情况。如果发现异常情况也可以取出组织进行化验，明确诊断后以便治疗；
2、肠镜检查：如果出现腹泻、腹痛、黑便等症状，则可以进行肠镜检查。肠镜主要用来检查结肠、直肠是否存在病变，如大肠息肉、溃疡性结肠炎、结肠癌等肠道疾病，可以帮助明确诊断。
但对于年老体弱、上消化道出血、伴有心肺疾病的患者，则不建议同时进行胃镜和肠镜检查，避免加重身体负担。随着胃肠镜普及，大部分胃肠病变可以通过胃肠镜筛查出来，较大程度上改善了恶性疾病的预后。对于存在反复腹痛、恶心、反酸等症状的患者，建议每年复查胃镜和肠镜。