通常情况下，短期内睡棕垫对身体无太大影响，但若长期睡棕垫，则可能会影响身体健康。建议选择软硬有度的床垫，可对身体进行合理承托，使身体得到放松。
棕垫的硬度较高，使用时可能不能适应人体脊椎的正常曲线，导致腰部处于悬空的姿势得不到支撑，并对身体突出部位造成压迫，长期使用可能会造成腰酸背痛的症状。但对于腰椎间盘突出的患者，睡棕垫可对脊柱起到支撑作用，避免脊柱下陷，从而在一定程度上防止腰椎间盘突出恶化。此外，棕垫多数是由胶水粘合原材料制成，部分棕垫厂家为了节省成本使用劣质胶水，而劣质胶水含有甲醛，制成的棕垫会在空气中持续性释放甲醛，长期使用劣质棕垫，可能会导致机体吸入较多甲醛，对呼吸系统、免疫系统、神经系统等造成损害。此外，棕垫的原材料是椰丝、棕树丝等，长期使用可能会受潮和生虫，从而对皮肤造成损害，可能会破坏皮肤保护屏障、引起皮肤炎症。