瓦楞子的配伍禁忌尚不明确，与其他药物配伍时，要在中医科医生四诊合参下指导配伍，不能凭经验私自配伍，以免引起不良反应危及身体健康。
瓦楞子性平、味咸，归肺、胃、肝经，是魁蚶、蚶科蚶属动物的毛蚶或蚶属动物泥蚶的贝壳，瓦楞子有化瘀散结、消痰软坚、制酸止痛的功效，可以治疗黏稠难咯、顽痰胶结、瘰疬、癥瘕痞块等疾病。对瓦楞子过敏者、无瘀血痰积者、肝脏功能严重受损者等不能盲目使用，因不存在药物适应证，盲目应用可能会加重病症，对药物过敏者还可出现咳嗽、瘙痒等症状。
现代药理学认为瓦楞子化学成分主要含碳酸钙，能够中和胃酸，可以缓解胃溃疡的疼痛，一般不能和胃蛋白酶合剂、阿司匹林等配伍，否则发生中和反应会使药物效果降低。
中医临床多应用瓦楞子配莪术，瓦楞子性平，具有化瘀散结等功效，莪术性温，具有消癥化积、活血散瘀的功效，两味药配伍之后具有消癥软坚、活血行气的功效，可以治疗气滞血瘀、积痰胶结。瓦楞子配海藻，海藻性寒，具有利水消肿、消痰软坚的功效，两味药配伍可以增强散结、消痰、软坚之力，可用于治疗肝郁痰火过旺导致的瘿瘤、瘰疬。