宝宝总是半夜咳嗽，可能与呼吸道感染、鼻后滴漏综合征、胃食管反流等因素有关。建议到正规医院就诊，完善相关检查，明确具体的病因，并在医生的指导下进行相应的处理。
1、呼吸道感染：如果宝宝在半夜的时候睡觉环境比较恶劣，或者寒冷因素、病原微生物的刺激，容易造成宝宝出现急性上呼吸道感染，呼吸道黏膜受到刺激后可能会有轻微的咳嗽。建议遵医嘱予以感冒灵颗粒、阿莫西林克拉维酸钾颗粒等药物进行治疗；
2、鼻后滴漏综合征：指因变应性或非变应性鼻部疾病产生的炎性分泌物，流入咽喉部引起的以慢性咳嗽、咽异物感为主要临床表现的一组症候群，当发生在半夜时，可出现宝宝半夜总是咳嗽的情况，还可能有打喷嚏、流鼻涕等表现。通常可以给予生理盐水冲洗鼻腔黏膜，遵医嘱给予通窍鼻炎颗粒进行治疗，必要时行鼻内镜手术治疗；
3、胃食管反流：如果宝宝总是在半夜咳嗽，可能平时还伴有食欲状态差，以及反酸、恶心等症状，可能与消化系统的相关疾病有关，如胃食管反流。胃酸反流到咽喉部位的黏膜，可能会出现比较明显的刺激性咳嗽，夜间平卧时容易发生反流。可以在医生指导下谨慎给予法莫替丁颗粒、西咪替丁片等抑制胃酸分泌的药物进行治疗。