贝贝南瓜通常可以生吃，但是不建议直接生吃。由于生吃口感欠佳，同时贝贝南瓜质地较硬，容易损伤口腔黏膜。日常建议凉拌、清炒或者进行蒸煮后再食用。
贝贝南瓜属于南瓜其中的一个品种，如果直接生吃，口感可能会较干涩。并且贝贝南瓜的质地较硬，如果咀嚼功能较差的人群生吃，还会造成牙龈损伤。此外，如果没有经过大量清水清洗，直接生吃贝贝南瓜，还容易导致表面的致病菌入侵机体，从而引起腹痛、腹泻、呕吐等不适症状。在日常饮食习惯中，建议将贝贝南瓜清洗后进行烹饪，增加食物的口感。贝贝南瓜中含有丰富的营养物质，常见的有膳食纤维、多种维生素、矿物质及微量元素、胡萝卜素等，适量进食贝贝南瓜能够补充机体所需的营养。同时，贝贝南瓜中含有丰富的膳食纤维，烹饪后食用可以促进胃肠蠕动，辅助预防和改善便秘。
在采购贝贝南瓜时，可以选择外观为墨绿色、水分充足、瓜蒂较为新鲜、按压富有弹性的南瓜，通常较为新鲜，口感也较香糯。进食后，有利于改善食欲，并为机体补充营养。