临床上根管冲洗常用的药物，包括次氯酸钠冲洗液、乙二胺四乙酸二钠溶液、过氧化氢溶液、氯己定溶液等，都可以作为根管冲洗液，以达到消毒、杀菌、清洁口腔的效果。
1、次氯酸钠冲洗液：是临床常用的根管冲洗剂，可以起到清理根管、溶解坏死组织、润滑根管壁和杀菌等作用。一般药物浓度越高，溶解组织的能力越强，但对于组织的刺激性也会增大。在遵医嘱使用次氯酸钠冲洗液时，必须使用橡皮障阻挡，防止次氯酸钠溶液流入口腔，刺激口腔黏膜；
2、乙二胺四乙酸二钠溶液：也称为EDTA，是一种强效的螯合剂，可以润滑牙齿根管壁、去除玷污层。也可以和次氯酸钠冲洗液联合使用，不仅能够去除玷污层，有助于抗菌剂穿透感染牙本质深层，起到较好的治疗效果；
3、过氧化氢溶液：也称为双氧水，当过氧化氢溶液遇到根管组织中的过氧化氢酶，可以释放出新生氧，起到杀菌、除臭的作用。过氧化氢溶液的发泡作用，也有助于根管内渗出物及坏死组织的清除，临床上常与次氯酸钠、生理盐水联合使用；
4、氯己定溶液：是一种广谱抗菌剂，有较强的杀菌、抑菌作用，还能够有效抑制粪肠球菌活性， 并且对氢氧化钙的耐药菌株有效。临床上，一般可以与次氯酸钠联合使用；
5、其他：此外，根管冲洗的药物，还可见于氯亚明溶液，或者其他种类的抗生素注射液等，都可以达到较好的清洁、抑菌效果，有利于根管治疗的恢复。