临床并没有明确的科学研究表明加味逍遥丸的副作用是什么。但患者在服用加味逍遥丸时，仍需要严格在医生的指导下服用，不可自行盲目用药，以免对身体健康产生不利的影响。
加味逍遥丸由柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、牡丹皮、栀子、薄荷等中药成分组成，具有舒肝清热、健脾养血等功效，可以用于缓解肝郁血虚、肝脾不和、两胁胀痛、头晕目眩、倦怠食少、月经不调、脐腹胀痛等多种病症。虽然加味逍遥丸的副作用并未明确，但由于每位患者的病情不同、体质不同，所以在用药后的耐药性也会有所不同。如果患者在用药期间出现身体不适的现象，如腹痛、腹泻等，需要立即停止用药，及时前往医院的中医内科就诊，在医生的指导下根据不良反应的轻重调整用药。
此外，患者在服用药物期间还需要注意保持清淡、易消化的饮食，避免食入辛辣、油腻、生冷等刺激性的食物，如辣椒、火锅、冰淇淋等，以免刺激脾胃，导致脾胃的吸收功能下降，从而影响药物的吸收，影响药物的治疗效果。