在怀孕任何时期都存在发生胎儿畸形概率，如孕中期也可能畸形，但临床普遍认为畸形率在怀孕早期发生概率较高。胎儿出现畸形时，可能与疾病、药物等因素有关，建议及时通过相关检查，明确诊断。
虽然孕中期胎儿已经发育逐渐完善，但对于先天性染色体异常胎儿，仍可能在孕中期出现畸形现象。另外，孕中期胎儿在母体内自身免疫仍然较弱，易受外界刺激影响，所以仍存在畸形概率。如大剂量接触外界有毒物质时，可能会进入母体自身循环系统，通过胎盘影响胎儿生长发育，从而出现畸形现象，如消化道畸形、内脏外翻等。
对于孕中期孕妇，出现免疫力低下，感染细菌或病毒时，如巨细胞病毒、风疹病毒、弓形虫病毒等，也可能间接影响胎儿生长发育，从而出现畸形，如唇裂、腭裂等。最后，如果孕中期孕妇擅自使用药物时，如利巴韦林、庆大霉素等，由于毒副作用较强，在母体不断聚集后，也会使胎儿出现畸形，如先天性耳聋等。