双氧水通常可以消毒耳洞，但是需要注意使用的条件。对于清洁的耳洞，一般不建议用双氧水进行消毒，因为双氧水对伤口有一定的腐蚀作用，如果耳洞不存在感染，无需使用双氧水消毒，以免对耳洞产生进一步损伤，延缓耳洞愈合，临床建议使用聚维酮碘溶液消毒更理想。
对于污染、感染的耳洞，可以用双氧水进行消毒，尤其是被化脓性球菌感染的耳洞，用双氧水消毒能够杀灭耳洞局部以及皮肤表面的化脓性球菌，使局部污秽的物质氧化，达到灭菌效果。此外，如果耳洞比较深，局部伴有明显臭味，提示有厌氧菌感染时，也可以用双氧水进行消毒，能够起到杀灭厌氧菌的作用，而酒精或者碘伏无法起到如此好的效果。
应用双氧水消毒时，如果局部有新鲜的创面，患者可能会有局部烧灼感、疼痛感，消毒后3-5分钟，局部皮肤会变成白色。这时应及时用医用生理盐水进行冲洗，以免导致局部黏膜、皮肤组织出现损伤，影响耳洞恢复。