在临床上，卡氏肺孢子菌肺炎通常首选使用复方磺胺甲恶唑片和注射用醋酸卡泊芬净抗真菌治疗，对于重症卡氏肺孢子菌肺炎患者，还常需遵医嘱应用适量糖皮质激素，促进肺部间质性炎症吸收，具体用药还需在医生指导下进行。
一、治疗措施：
1、药物治疗：首选复方磺胺甲恶唑片抗感染治疗，通过抑制病菌叶酸合成，从根本上抑制病菌生长。必要时可以联合棘白菌素类抗真菌药物，如注射用醋酸卡泊芬净，具有抑制肺孢子菌细胞壁合成的效果，以提高肺孢子菌肺炎的疗效。如果患者肺间质性渗出进展迅速，呼吸困难进行性加重，还可以遵医嘱适量口服糖皮质激素；
2、辅助治疗：患者呼吸困难，明显持续低氧血症时，可在医院进行持续高流量氧疗，改善机体氧合状态。必要时进行机械辅助通气，并积极防止呼吸机相关性肺炎的发生。还需加强营养支持，维持机体水电解质平衡。
二、临床特点：
卡氏肺孢子菌肺炎多发生于机体免疫功能低下或缺陷人群，如获得性免疫缺陷综合征患者、恶性肿瘤性疾病放化疗术后、自身免疫性疾病，或器官移植术后长期使用细胞免疫抑制剂的人群。因机体免疫功能低下，一旦感染容易导致肺部进行性加重的间质性渗出。早期症状以发热、干咳、进行性加重的呼吸困难为主，需结合肺部影像学、肺泡灌洗术或肺活检，以明确诊断。