正确使用艾绒枕头并不会对身体造成危害，但如果使用不当，艾绒枕头没有进行定期的清洁，也很容易受潮，导致细菌滋生，则可能会出现皮肤瘙痒、呼吸道不适等症状。
艾绒枕头是以艾绒为填充物制作而成，而艾绒具有一定的吸水性，如果将其放在比较潮湿的环境下，或者是自身出汗量比较多，都容易使艾绒枕头受潮，从而会出现霉变现象。此时使用出现霉变的艾绒枕头就可能会对皮肤制造刺激，出现皮肤瘙痒、红肿等不适症状，尤其是对于皮肤比较娇嫩的婴幼儿而言，会更加明显。此外，如果艾绒枕头没有定期地晾晒，艾绒中会有大量的灰尘、螨虫以及细菌，睡眠时呼吸道靠近艾绒枕头，这些灰尘、螨虫、细菌等物质容易进入呼吸道，从而会引起鼻塞、打喷嚏等不适症状。
艾绒是一种常见的中药材，具有活血化瘀、温经止痛等多种作用，且艾绒还带有其特殊的香味，所以对于部分患者而言使用艾绒枕头睡觉有一定的安神助眠作用。如果是对于气味比较敏感或者是身体体质比较敏感的患者，可能会造成不适感觉，此类人群则不建议使用。另外，在使用艾绒枕头时，要定期进行晾晒，尤其是出汗较多的人，建议每个月晾晒一次。