卵巢囊肿超过5厘米考虑病理性囊肿的可能性大，患者需要检查肿瘤标志物，同时要关注卵巢囊肿的影像学表现，主要以卵巢囊肿的血流信号是否丰富、囊壁是否光滑等进行评估。卵巢囊肿一般可以进行药物治疗或手术治疗，但超过5厘米的卵巢囊肿通常建议手术治疗。
1、药物治疗：如果是单纯的卵巢囊肿，囊壁很光滑，肿瘤标志物也不高，或患者对手术有顾虑，可以暂时给予化瘀散结的中成药物治疗并观察，如桂枝茯苓胶囊等，服用药物后一定要定期复查超声，查看卵巢囊肿的变化情况；
2、手术治疗：如果影像学检查发现卵巢囊肿血流信号丰富，或囊壁上有结节状的组织，建议尽快做手术。根据患者年龄、生育情况、肿瘤病理类型等决定手术类型，一般年轻未育的患者可以做单纯的卵巢囊肿切除术，术后将残余的卵巢做成形。如果是围绝经期的女性患有卵巢囊肿，可以视情况做附件切除术。如果是术中观察到卵巢囊肿恶性的可能性比较大，术中需要送快速冰冻病理检查，如果冰冻病理检查提示是恶性卵巢肿瘤，需进一步进行肿瘤细胞的减灭手术，也就是尽可能地切除肿瘤的病灶，同时需要留取腹腔冲洗液。
如果 卵巢囊肿是卵巢炎性的包块，可以先进行抗炎治疗，如头孢拉定和头孢克肟，炎性的卵巢囊肿有缩小或者消失的可能性，但如果经过充分的抗炎治疗后卵巢囊肿仍然存在，就需要及时做囊肿清除术。