附子理中丸和香砂六君丸的区别在于药物成分与性状、功能主治不同。患者在服用药物时需要在专业中医辨证论治以后，对症服用药物治疗。
1、药物成分与性状：附子理中丸由附子(制)、党参、白术(炒)、干姜、甘草组成，药品性状为棕褐色至黑褐色的大蜜丸或浓缩丸，气微，味微甜而辛辣，而香砂六君丸由木香、党参、炒白术、姜半夏、大枣等成分组成，药品性状为棕色的浓缩丸或黄棕色的水丸，气微香、辛或气微香，味微甜、辛；
2、功能主治：附子理中丸具有温中健脾的功效，可用于治疗脾胃虚寒、脘腹冷痛、手足不温以及呕吐泄泻等病证，而香砂六君丸具有益气健脾以及和胃的功效，可用于治疗脾虚气滞、消化不良、脘腹胀满、大便溏泄以及嗳气食少等病证。
患者在服用附子理中丸和香砂六君丸时应注意饮食以清淡、易消化为主，尽量不要摄入生冷、油腻、辛辣、刺激性食物，避免影响药物疗效。孕妇应慎用附子理中丸以及香砂六君子丸，以免对胎儿产生不良影响。