通常来讲，催眠对身体的伤害不大，但催眠后可能会出现部分副反应，如头晕、头痛、多梦、乏力等，尤其在深睡眠状态下，忽然叫醒被催眠者，容易在醒后出现上述症状，也有可能与催眠时间过长有关。
在进行催眠时，若催眠方法不当，可能会出现很多不适症状或副反应，主要考虑是在催眠中受不良暗示所造成，通常需要再次经过一次催眠，相关暗示可以消除。当催眠方法不当时，由于诱导和分析加速，可能会出现情绪急躁，或者在催眠过程中暗示不当，使患者心理产生矛盾，从而出现记忆力减退，如出现阅读、计算能力降低，治疗一段时间后经过暗示，对某些特殊的记忆会得到恢复，工作、学习也不会受到影响。因此催眠有一定副作用，但上述副作用经过再次正确催眠后，通常不会出现器质性损伤，对身体伤害并不大，并不需要过于担心。
注意催眠之前需和催眠师建立良好、完全依赖、绝对信任的关系，从而有效避免不良反应的发生，进行催眠时需要寻求正规医院。