通常不主张多西环素和阿莫西林一起用，可能影响两种药物的效价，甚至增加药物不良反应的发生风险。多西环素和阿莫西林均属于抗菌药物，其中多西环素属于广谱抗菌药，常用于革兰氏阳性球菌、阴性杆菌引起的呼吸系统感染，如支气管炎、肺炎、扁桃体炎，以及解脲支原体引起的泌尿、生殖系统炎症，不适合用于肠道细菌感染的治疗。该药物主要不良反应有消化道症状，如恶心、呕吐、腹泻，以及肝肾功能损害，属于孕妇、儿童、哺乳期女性慎用药物。
阿莫西林属于半合成青霉素类广谱β-内酰胺类抗生素，常用于肺炎链球菌、溶血性链球菌、大肠埃希菌等引起的呼吸道感染、中耳炎、鼻窦炎、肠炎等疾病。该药物主要不良反应有消化道症状，如腹泻、恶心以及过敏反应、肝肾损害、剥脱性皮炎等。
如果多西环素和阿莫西林同时使用，可能会产生拮抗作用，影响药物治疗效果，不利于疾病的治疗，同时还会增加用药风险，如增加肝肾代谢负荷，提高肝肾功能损害的风险，导致肝功能、肾功能异常。此外，两种药物均有以上消化道不良反应，一起使用可能导致机体菌群失调，加重消化道症状，诱发腹泻。