肿瘤三项检查不一定能查出癌症，肿瘤三项指标升高提示可能存在癌症，但部分炎症，或者溃疡等良性疾病也会导致肿瘤三项升高。若肿瘤三项持续升高，癌症的可能性则比较大，受检者还需要进行其他检查，如病理活检、CT等，进一步判断是否存在癌症。
肿瘤三项检查常可选择肺癌标志物三项检查、乳腺癌标志物三项检查、消化道肿瘤标志物三项检查，或者是妇科肿瘤标志物的三项检查，联合检查可以提高诊断的敏感性和特异性。但指标升高不一定是癌症，只是提醒可能会出现肿瘤，但要先进行排查概率更高的炎症、溃疡等良性疾病，因此受检者不必过于担心，肿瘤三项标志物升高只是提示存在恶性肿瘤的可能，其准确率不会达到100%。
临床上部分癌症患者从确诊到去世，肿瘤进展过程中并未出现肿瘤标志物升高，即使体内存在大肿块，肿瘤标志物也不会增高，说明肿瘤标志物在这部分患者身上没有确诊意义。但部分人群在肿瘤标志物升高时，肿瘤则会伴有波动起伏，存在病情变化时肿瘤标志物也比较敏感。虽然肿瘤三项检查无法明确查出癌症，但结合影像学检查或患者的病理检查，可以提高确诊癌症的几率。