抑菌软膏和抑菌乳膏的主要区别在于制作工艺不同，其成分基本相同，但涂抹后的感受可能不同，建议在医生指导下选择适合自己的药物。
抑菌软膏是一种将药物原料药与底物混合制成的半固定制剂，一般不会添加防腐剂，加水也比较少，软膏质地更加粘稠，一般不建议用于毛发部位，可以避免毛囊炎等疾病发生，抑菌软膏在临床上主要用于皮肤、黏膜及伤口表面，具有滋润、消毒、收敛、止痒、镇痛、麻醉、抗感染作用。抑菌乳膏是一种溶解或分散于乳化基质中的半固体制剂，临床上可以起到消肿、止痒的效果，乳膏蒸发的速度较快，油腻感也不会太明显，更容易涂抹，一般可以用于毛发部位。
建议患者在使用抑菌软膏和抑菌乳膏前应在医生的专业指导下进行使用，对药物成分过敏的患者禁止使用，另外不要长期使用上述药物，以免出现药物耐药性。