枕骨凹陷通常考虑为两种问题导致，第一是由于各种外力作用导致的枕骨凹陷性骨折。第二是非外力作用先天性存在的枕骨凹陷。常见于颅底凹陷，通常伴有齿状突发育异常或枕骨大孔狭窄等问题存在。
一、枕骨凹陷性骨折
1、原因：多见于高空坠落伤、暴力打击、车祸等意外伤害，外力直接作用于枕部导致局部颅骨连续性中断，从而造成枕骨凹陷性骨折。此时触诊时可以发现枕部头皮凹陷，患者可见明显的头皮血肿、头皮挫伤或头皮裂伤存在。头颅CT骨窗像可以发现有明显颅骨连续性中断，局部骨片凹陷；
2、治疗：根据枕骨凹陷骨折的深度决定是否需要通过手术来治疗，对于需要手术的患者，临床上常用的手术方式为颅骨凹陷骨折整复术。
二、先天性发育畸形导致枕骨凹陷
1、原因：多见于颅底凹陷，是由于先天性因素导致患者骨质发育不良，从而使枕骨大孔区域的颅底骨向上方凹陷进入颅腔，常伴有齿状突升高进入颅底。这种先天性颅底发育畸形一般很少单独存在，常伴有枕骨大孔狭窄等情况。并且会影响到患者的小脑、脑干功能，导致患者出现强烈的眩晕感、恶心、呕吐、以及多个颅神经功能障碍，还有些患者可能表现为椎基底动脉系统供血不足；
2、治疗：对于无症状的枕骨凹陷患者可以不做特殊治疗，做好自我防护避免颈部过度运动，尽量避免行颈部按摩。当患者有延髓和上颈髓受压症状时，有局部颅神经症状或小脑受累，或脑脊液循环通路受阻、脊髓空洞症等情况时，应采取手术方式加以治疗。手术一般建议选择减压术，目的是缓解局部压力，改善颅神经和小脑、脑干受压，保持脑脊液循环通路通畅。