包皮上长小颗粒可能是尖锐湿疣、珍珠状阴茎丘疹造成，也有可能是包皮龟头炎、阴囊湿疹，或者是皮脂腺异位症、生殖器疱疹造成，需到医院鉴别诊断，再针对性治疗。
1、尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染造成，具有一定的传染性，会通过性接触传播。尖锐湿疣可导致包皮上长小颗粒，还会逐渐生长，呈菜花样，需要遵医嘱使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏等进行涂抹，必要时进行高频电刀手术切除疣体，也可搭配激光、冷冻、电灼等物理治疗；
2、珍珠状阴茎丘疹：是阴茎冠状边缘及冠状沟的皮肤病，通常是由于局部受到刺激及包皮过长等造成，可能会导致阴茎部位长半透明丘疹，颜色不一，并且生长速度缓慢，丘疹的形状比较像小颗粒，若无其他症状，可不进行处理，也可通过激光的方式去除；
3、包皮龟头炎：是由感染、刺激或者是外伤造成的炎症，可能会导致皮肤出现红肿、水疱、溃疡及糜烂等症状，水疱形状比较小，像小颗粒一样，可表现为包皮上长小颗粒，可以遵医嘱使用甲硝唑片、罗红霉素胶囊等药物进行治疗，同时也可以涂抹醋酸泼尼松乳膏辅助治疗；
4、阴囊湿疹：是湿疹中的一种，不具有传染性，通常是免疫功能异常造成，可能会出现皮肤红肿、丘疹等症状，丘疹和小颗粒的形状比较相似，可表现为包皮上长小颗粒，可以在医生的指导下使用炉甘石洗剂，以及涂抹他克莫司软膏进行治疗；
5、皮脂腺异位症：通常是皮脂腺生理性变形，以及皮脂腺增生造成，可能会导致局部皮肤出现粒粒大小的扁平丘疹状损害，可表现为包皮上长小颗粒，可以遵医嘱通过二氧化碳激光的方式进行改善；
6、生殖器疱疹：单纯疱疹病毒感染造成，患病以后可能会导致出现小水疱、疼痛及皮肤溃疡，表现为包皮上长小颗粒，需要在医生的指导下服用阿昔洛韦、伐昔洛韦等药物进行治疗。