5岁男童因早教用眼过度导致近视1000度是较为严峻的状况，应立即前往小儿眼科就诊，请医生进行全面的眼部检查与专业评估，确定近视的具体类型及眼部其他状况，以便制定精准的治疗与矫正方案，可以调整用眼习惯、光学矫正、药物辅助、视觉训练、定期复查。
1、调整用眼习惯：严格限制孩子使用电子设备进行早教学习的时间，每次不超过15分钟，每天累计不超过1小时。增加孩子户外活动时间，每天保证2-3小时，让眼睛充分接触自然光线，有助于抑制近视进展。
2、光学矫正：在医生指导下为孩子验配合适的框架眼镜或角膜塑形镜，对于如此高度近视，框架眼镜需选择高折射率镜片以减轻镜片重量与厚度。角膜塑形镜可在一定程度上延缓近视加深，但需严格遵循佩戴规范，注意镜片清洁与护理，防止眼部感染。
3、药物辅助：可在医生评估后遵医嘱使用硫酸阿托品滴眼液、硝酸毛果芸香碱滴眼液等药物，能通过放松睫状肌，减少眼睛的调节紧张，从而在一定程度上控制近视发展。但使用过程中要密切关注孩子有无不良反应，如畏光、视近模糊等，定期复查眼压、视力等指标，根据情况调整用药剂量或停止使用。
4、视觉训练：安排孩子进行专业的视觉训练，如调节灵敏度训练、双眼视功能训练等。可通过使用翻转拍进行调节训练，改善眼睛的调节能力，进行聚散球训练，增强双眼协同工作能力，提高视觉质量。
5、定期复查：每3-6个月带孩子到眼科进行全面复查，包括视力检查、眼压测量、眼底检查等。及时发现可能出现的眼部并发症，如视网膜病变、青光眼等。
家长要监督孩子正确用眼，不要在昏暗或晃动的环境中用眼，注意孩子的用眼姿势，保持眼睛与书本或屏幕的适当距离。避免孩子剧烈运动，如蹦极、拳击等，防止视网膜脱离等严重并发症。