无痛肠镜一般在静脉麻醉下进行，所以患者在检查过程中无感知，并不痛苦，可能在静脉注射麻醉药物时，出现一过性静脉刺激的疼痛，并且术后清醒后出现腹胀不适。同时无痛肠镜还需要服用药物清洁肠道，存在一定的不适感，但多数患者可以忍受。
肠镜时间是指全结肠检查到达回盲瓣之后加上退镜观察的时间，检查时间在15-30分钟左右，但如果检查前一天晚上8:00后没有严格禁食，术前肠道准备存在问题，肠腔内有粪水残留而影响术中的观察视野，可造成检查时间延长。此外，肠镜下发现息肉，可以采取高频电凝切除术，并且可能需做病理检查。另外如果患者的肠道结构过于弯曲，或者存在病变，肠镜通过困难，亦需延长检查时间。
在结束无痛肠镜检查后，术后麻醉苏醒还需再观察一定时间。如果检查过程中切除息肉，则需在术后3天避免进食冷、硬、刺激性食物，观察大便颜色，如果出现异常表现，应该及时告知医生。