磺达肝癸钠和肝素都是抗凝药，二者的主要区别在于药物来源、分子量、药物代谢动力学、代谢时间、副反应以及临床应用几个方面。磺达肝癸钠和肝素都可用于预防血栓形成，需注意磺达肝癸钠和肝素需遵医嘱使用，不可擅自更改用药或用量，避免因服用过量而导致出血或其他副作用。
1、药物来源：磺达肝癸钠是纯化学合成的戊聚糖甲基衍生物，肝素是从猪肠黏膜或牛肺中提取的一种天然抗凝血物质，属于一种混合物；
2、分子量：肝素具有较大的分子量，而磺达肝癸钠的分子量相对较小；
3、药物代谢动力学：肝素与磺达肝癸钠均可静脉皮下注射给药，禁止肌肉注射。肝素皮下注射的生物利用度较小，磺达肝癸钠皮下注射的生物利用度相对来说比较大。肝素可被网状内皮细胞系统清除和降解，少量经肾脏代谢。磺达肝癸钠主要通过肾脏排泄，肾功能不全的患者可能发生蓄积，或导致出血；
4、代谢时间：通常分子量越小，半衰期越长。磺达肝癸钠的血浆半衰期约为17-21h，肝素血浆半衰期平均为1-2h；
5、副反应：两者均属于抗凝药，有一定引起出血的可能性。与肝素相比，使用磺达肝癸钠的出血发生率较低，肝素引起出血的概率相对较高。因此使用肝素时，特别是静脉滴注给药，需监测活化部分的凝血活酶时间；
6、临床应用：磺达肝癸钠和肝素均可用于预防和治疗静脉栓塞，如肺动脉栓塞，还可用于不稳定型心绞痛、心肌梗死。二者的区别在于，普通肝素还可用支架置入、冠状动脉球囊成形术后，可起到预防栓塞的作用。而磺达肝癸钠可能会增加导管血栓、冠脉并发症的风险，所以不可用于经皮冠状动脉介入术的患者。