三个月宝宝拉黑色大便，可能与饮食因素、药物因素、消化道出血等有关，建议家长及时带宝宝去医院的小儿消化科就诊，完善血常规等检查后进行治疗。
1、饮食因素：可能与宝宝的饮食结构有关，如果近期宝宝的辅食中含有较多黑色食物或铁剂含量丰富的食物，如黑米、动物血液、内脏等，铁元素在体内被氧化后与大便混合就会形成黑色大便，通常可在改变饮食结构后随着时间推移恢复正常，不会产生其他影响；
2、药物因素：如果宝宝服用了铁剂等，其中含有的铁离子可能会随着大便排出，故可造成黑便的情况。若无其他不适症状，一般无需担心，遵医嘱、按疗程合理用药即可；
3、消化道出血：可能与胃溃疡、十二指肠溃疡有关，消化道黏膜受到损伤引起出血，血液中的铁元素可使宝宝大便变成黑色，可在医生的指导下使用硫糖铝混悬凝胶等药物进行治疗，保护消化道黏膜，必要时需进行手术治疗，帮助止血。
除上述原因外，急性胃肠炎、积食等也可引起消化道功能紊乱，使三个月宝宝出现此症状。建议家长注意合理喂养，同时注意饮食清淡，让宝宝保持充足休息，有助于症状恢复。