临床上抽脊髓液是指进行腰椎穿刺，抽取脊髓液。一般情况下，抽脊髓液并不是很疼。脑脊髓液在整个脑脊液循环系统的储量约为120毫升，在腰部椎管内抽出2-3毫升做检查。
通常抽脊髓液前，会让患者弯曲侧卧床上，双手抱膝，使腰椎后凸、椎间隙增宽。然后局部进行常规消毒，浸润麻醉后，再进行穿刺。此时由于麻醉会起到一定作用，因此大部分患者抽脊髓液并不会有多疼，甚至还有可能会没有特殊感觉。但部分患者若穿刺不顺利，导致反复进行穿刺，此时可能会相对较疼。此外，小部分患者对疼痛较敏感，也可能会导致出现较疼的情况。还需要注意的是，抽完脊髓液后，需要使用消毒纱布块固定局部伤口，去枕平卧4-6小时，有利于避免不适症状的出现，如恶心、呕吐等。
腰椎穿刺前应注意，若出现局部皮肤、软组织、骨有炎症时不可穿刺，颅内明显压力增高有脑疝迹象者不能穿刺，病情危重处于休克或濒于休克者不能穿刺，有脊髓压迫症状、脊髓功能已处于完全消失的临界状态不可穿刺。此外，穿刺术后还要预防头痛、脑疝形成和感染的发生。