虽然双歧杆菌三联活菌胶囊可以辅助改善肠炎引起的腹泻等症状，但不足以治疗肠炎。肠炎是指由病原微生物感染、遗传等多种因素引起的肠道炎性反应，患者可能会出现腹痛、腹泻、血便、发热等症状，一般分为感染性肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病、放射性肠炎等。临床上，患者可以在医生的指导下服用蒙脱石散止泻，以及使用左氧氟沙星进行抗感染治疗。若为克罗恩病，还需要使用硫唑嘌呤、甲氨蝶呤等进行免疫抑制治疗。
双歧杆菌三联活菌胶囊的主要成分是长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌以及粪肠球菌，能够补充人体正常的生理细菌，调节肠道内的菌群平衡，还能够抑制肠道内的致病菌，加快营养物质在肠道内的消化。通常用于治疗因肠道菌群失调引起的各种腹泻以及便秘，也可以改善急慢性腹泻、消化不良、腹胀。但没有消除炎症、改善自身免疫状态的功效，因此不足以治疗肠炎。
肠炎的患者，在治疗期间，需要注意清淡饮食，避免摄入辛辣刺激性食物，如辣椒、芥末等，以免加重胃肠道不适的症状。