体格检查、血清CA12-5测定、人附睾蛋白4(HE4)测定、超声检查、腹腔镜检查等检查能够查出巧克力囊肿，具体检查需要在医生操作下进行。
1、体格检查：如果患有巧克力囊肿，医生在对腹部进行触诊或直肠-腹部-阴道三合诊时，通常会在下腹部触诊到包块，伴有压痛症状，可辅助诊断病情。
2、血清CA12-5测定：巧克力囊肿患者的血清CA12-5指标可能会升高，重症患者升高幅度较为明显。血清CA12-5诊断内异症的敏感性和特异性均较低，不作为独立的诊断依据，但有助于监测病情变化、评估疗效和预测复发。
3、人附睾蛋白4(HE4)测定：人附睾蛋白4(HE4)在患有巧克力囊肿多呈正常水平，可用于与卵巢癌的鉴别。
4、超声检查：比较常见的有阴道超声检查，可以确定异位囊肿的具体位置、形状、大小等，如果超声检查影像为圆形或椭圆形、囊壁厚而粗糙，无回声区内有密集絮状光点，可能是巧克力囊肿。
5、腹腔镜检查：是目前确诊巧克力囊肿的最佳方法，除了阴道或其他部位可直视的病变外，腹腔镜检查是确诊盆腔内异症的标准方法。对在腹腔镜下见到大体病理所属的典型病灶或可疑病变进行活组织检查即可确诊。
除上述检查外，还可以进行其他检查，例如盆腔CT、磁共振成像（MRI）检查等。当存在巧克力囊肿时，女性可出现痛经、月经异常，甚至不孕，需尽快就诊于妇科，遵医嘱进行针对性治疗。