需要做食管镜检查时，可以挂消化内科、胸外科等科室，若为食管癌患者，也可以选择挂肿瘤内科就诊。但由于医院设置不同，若患者不明具体科室时，可以到分诊台询问再到相应科室就诊。
上消化道包括口咽、食管、胃和十二指肠等，而食管属于上消化道范畴，若食管出现病变需要进一步检查时，如反流性食管炎、食管癌、食管异物或食管梗阻等情况，可到消化科就诊，行食管镜等检查，通过镜下直视可以明确诊断并决定下一步治疗。而食管主要包括胸段或腹段，也可以到胸外科就诊，同时若为食管癌患者，由于属于恶性肿瘤，也可以选择到肿瘤内科就诊。
此外，行食管镜检查前应禁食、禁水，检查前摘掉活动性义齿，口服达克罗宁或利多卡因等局麻药物，以减轻咽喉反应。检查时取左侧卧位，咬住牙垫，行检查过程中让口水自然流出，切勿吞咽口水，防止呛咳、误吸等。