龟头上有胎记多数是在胚胎发育期间由于某些偶然因素的影响或者干扰，导致龟头部位皮肤黏膜出现结构或色素异常改变，最终形成了所谓的胎记，并不能说明存在特殊情况。
胎记通常为先天性真皮黑素细胞增多症，是在母体内胚胎发育期间所形成，具体形成原因并不清楚，可能受遗传因素的影响，也有可能是胚胎发育期间受到多种因素干扰，包括药物影响，或者进行某些有创检查，造成胎儿皮肤黏膜发育异常而形成胎记。胎记可发生于身体的任何部位，以腰骶部及臀部多见，龟头部也可出现胎记，且多以色素性胎记为主，比如局部色素痣，表现为局部皮肤褐色、黑色的斑片、斑点。通常都是良性损害，对身体健康没有危害，也不会影响到正常性生活，不会出现瘙痒、疼痛等不适感。
但由于龟头处在相对敏感、易受刺激的部位，如果后天出现胎记逐渐扩大、瘙痒、疼痛、出血等症状，可以考虑通过短脉冲激光将其去除，以免发生恶变。