眼睛真菌感染和细菌感染的区别主要表现在病原菌不同、临床表现不同及治疗方法不同。如果出现眼睛感染，应及时就医检查，以明确致病菌，并根据致病菌选择敏感药物治疗。
1、病原菌不同：眼睛真菌感染多数由曲霉菌属、镰孢菌属、弯孢菌属和念珠菌属4大类病原菌导致。细菌感染多数由葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎症球菌和大肠杆菌等感染导致，其中葡萄球菌是细菌性感染常见的致病菌；
2、临床表现不同：真菌感染多数发病缓慢，刺激症状比较轻，不伴有疼痛或仅有轻微的疼痛感，可伴有视力障碍。角膜浸润灶成白色或乳白色，边界欠清晰，呈牙膏样或苔垢样外观，且易复发和传染。细菌感染多数起病急骤，患眼可有明显的疼痛及视力障碍。角膜浸润灶可呈白色或灰白色，边界清晰，溃疡表面和结膜囊多有脓性或黏液脓性分泌物；
3、治疗方法不同：眼睛真菌感染主要的治疗方法是局部使用抗真菌药物，如那他霉素滴眼液、氟康唑滴眼液等。细菌感染宜选用敏感的抗菌药物进行治疗，包括左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、红霉素眼膏等一般炎症消除后可以停药。