卡介苗和牛痘疫苗的区别主要在于疫苗组成不同、预防疾病不同、推行范围不同，卡介苗和牛痘疫苗的接种部位一般都是上臂三角肌，接种途径是皮内注射。
1、疫苗组成不同：卡介苗是由减毒牛型结核杆菌悬浮液制成的活菌苗。牛痘疫苗是将牛痘病毒进行减毒处理后制备而成的一种疫苗。
2、预防疾病不同：卡介苗主要用于预防结核病，比如肺结核、肾结核等，在接种之后，能够增强巨噬细胞的活性，并加强巨噬细胞杀灭肿瘤的能力，牛痘疫苗主要用于预防天花病毒的感染，天花是一种烈性传染性疾病。
3、推行范围不同：卡介苗属于国家免疫规划疫苗，免费接种。出生3个月以内的婴儿，或3月龄到4岁结核菌素试验阴性的儿童，需要接种卡介苗。目前天花在我国大陆已经没有发病，所以目前不再注射牛痘疫苗。
卡介苗和牛痘疫苗在接种后会存在相似之处，比如均会引起左上臂接种部位的破溃，形成瘢痕。另外疫苗接种后的急性过敏反应常在接种后30分钟内发生，因此接种后应在原地观察至少30分钟无特殊不适后再离开。