如果因病情需要服用复合乳酸菌肠溶胶囊，可以遵医嘱长期吃，它的成分包括乳酸乳杆菌、嗜酸乳杆菌和乳酸链球菌三种活的乳酸菌，是安全性较高的益生菌药品。但如果没有相应适应证，则不建议盲目长期吃。
通过补充复合乳酸菌肠溶胶囊，其中的乳酸菌进入肠道后在肠黏膜定植占位，可改善肠道内环境、抑制有害菌繁殖，帮助机体恢复肠道功能，进而缓解便秘、腹泻等问题。乳酸菌还可以通过刺激肠腔内的单核巨噬细胞、多核白细胞和淋巴细胞，产生非特异性和特异性的免疫应答，并可增强黏膜和血清中免疫球蛋白的水平，加强肠道内体液免疫和细胞免疫。
此外，抗生素可以无差别灭杀所有的益生菌和有害菌类，因此应用抗生素的同时，也容易造成菌群失调，口服复合乳酸菌肠溶胶囊可以帮助恢复体内菌群平衡，建立体内菌群屏障。