通常在临床上，盐酸特比萘芬乳膏可以用来治疗灰指甲。灰指甲又被称作为甲癣，主要是甲受到真菌感染，从而引起的一种感染性皮肤疾病，可表现出指甲变形、指甲增厚、指甲表面凹凸不平，还有可能出现指甲脱落，指甲的颜色变为灰黄色，往往需要及时进行抗真菌治疗。
通常临床建议选择广谱抗真菌的药物进行治疗，盐酸特比萘芬乳膏属于抗真菌膏剂，该药物的主要作用机制是抑制真菌的合成以及繁殖，从而起到抗真菌的作用。在治疗的时候可以直接将药物涂抹在患处，但因为指甲比较厚，药物不能充分渗透，导致治疗效果有限。治疗时一般采取联合治疗，比如除外用抗真菌药物外，还可口服盐酸特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等，促进恢复。
此外，盐酸特比萘芬乳膏要注意不能用于比较敏感的位置，比如眼周，也不能用在有伤口的位置。在使用过后，有可能会引起不良反应，如出现局部的红肿、灼烧感，但比较少见。灰指甲治疗建议在医生指导下用药，避免自行盲目用药，以减少用药风险。