沙眼衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，患者可通过直接或间接接触发生交叉感染。临床上对于这类疾病的治疗通常分为两个阶段，第一个阶段为临床用药期，一般需要2周时间，第二个阶段为复查期，患者分别间隔1个月和3个月复查，2次结果都为阴性即为治愈。若复查为阳性，应更换抗生素重新进行治疗。因此，如果治疗效果理想的话，3.5个月即可明确治愈。
沙眼衣原体接触人体后会有2种形态，在传播过程中呈现孢子形态，感染时呈现不规则的始体形态，临床主要针对沙眼衣原体始体进行治疗。沙眼衣原体侵入人体不同器官，可造成不同的临床症状，若侵入眼睛可导致眼睛流泪、脓性分泌物流出、结膜充血、眼睑内翻、角膜损伤等症状；若侵入生殖道可导致患者出现尿频、尿急、尿痛、小腹坠胀等症状；若侵犯淋巴结可引起淋巴结疼痛、肿大、化脓、肉芽肿等症状。
沙眼衣原体阳性时，临床上通常使用大环内酯类抗生素，如阿奇霉素、罗红霉素、盐酸多西环素等药物进行治疗，也可以应用盐酸左氧氟沙星、诺氟沙星等喹诺酮类抗生素进行治疗。临床治疗时需遵医嘱使用抗生素，治疗结束后1个月左右，进行沙眼衣原体复查。若复查为阴性，3个月后再行复查，若复查仍然阴性，说明已实现临床治愈。患者日常还应注意个人卫生，杜绝不洁性生活，私密衣物单独清洗，避免家庭成员之间发生交叉感染。