心身医学科和心理科在三级甲等综合医院和精神卫生治疗机构都有相应的科室设置，尤其在三级甲等综合医院比较常见，两者的区别主要在于诊治对象不同、治疗方式不同、从业人员不同。
1、诊治对象不同：心身医学科所面对的对象更侧重于一些心身疾病患者，例如失眠、躯体疾病合并的精神障碍、躯体化障碍、神经性厌食症、酒精依赖患者等；心理科实际上就是精神科，只是在综合医院设心理科，从心理上讲，更容易为一般人群接受，所诊治的范围，既有正常人的心理咨询，也包括一般的精神心理疾病或者某些严重精神障碍，例如各种神经症、抑郁症等；
2、治疗方式不同：在精神专科医院或者三甲综合医院均可设有心身医学科，多数心身医学科患者可以在门诊治疗，也可以住院治疗，但主要是住院治疗，治疗方式包括心理治疗、物理治疗、药物治疗等；心理科在三级甲等综合医院比较常见，一般没有病房，医生以门诊心理咨询、心理治疗为主，也可对于就诊患者进行门诊药物治疗；
3、从业人员不同：从事心身医学科人员多为具备丰富内科或者多学科临床知识的精神科医生；从事心理科的人员，除了具备专业的精神科知识，还需要具备普通心理学知识，有些还需要有心理咨询资质或者心理治疗资质等。