12岁男孩内裤有发黄的污渍，可能是卫生不良、包皮龟头炎、尿道炎所引起，可能还伴有龟头瘙痒、龟头刺痛、排尿疼痛等症状。确诊存在疾病因素时，应及时就医进行针对性治疗，在治疗期间应多饮水，多排尿，清淡饮食，多休息。
1、卫生不良：12岁男孩不经常对局部进行清洗，也不经常更换内裤，可能会致使内裤上存在尿液残留，就会使内裤有发黄的污渍，应当勤对局部进行清洗，并且勤换内裤，防止诱发包皮龟头炎或者是尿道炎等感染性疾病；
2、包皮龟头炎：12岁男孩仍存在包皮过长，不经常对包皮内部进行清洗，可能诱发包皮龟头炎，例如细菌性包皮龟头炎，炎性物质增多后，会遗留在内裤上，就可能会导致内裤发黄，还可能伴有瘙痒、疼痛等症状，确诊后，可外用莫匹罗星软膏、红霉素软膏等药物进行治疗；
3、尿道炎：饮水过少、卫生不良等因素，可能会导致尿道口会出现脓性分泌物，就会使内裤发黄有异味，伴有排尿频繁、排尿疼痛、尿急等症状，确诊以后，可使用敏感抗菌药物治疗，例如头孢地尼分散片等。