口腔疱疹主要是由于病毒感染引起的疱疹，口腔疱疹的总体治疗原则以抗病毒治疗、全身支持疗法、对症处理和防止继发感染为主，主要目的是缩短疗程、减轻症状、促进愈合。患者在明确疱疹类型后，可以在医生指导下，口服抗病毒药物、维生素药物等治疗，但患者不可盲目自行用药，以免造成不良影响。
1、抗病毒药物：口腔疱疹在药物上可选用中药清热解毒制剂，比如蓝芩口服液、板蓝根颗粒和抗病毒口服液等，也可以选择抗病毒的西药，比如阿昔洛韦片、泛昔洛韦片等治疗；
2、维生素药物：为维持体液的平衡，患者应多喝水、多吃新鲜的蔬菜和水果，合理补充维生素B和维生素C，可以口服复合维生素片。由带状疱疹病毒感染引起的口腔疱疹，疱疹可成簇沿着三叉神经呈带状分布，可服用营养神经的药物，如维生素B1片、维生素B12片等，为防止愈后神经痛，可同时用转移因子注射治疗。
此外，仅口服药物可能无法达到理想的效果，还需要配合一些漱口溶液及外用止痛药物共同使用。如患者可选用抗菌漱口液，如淡盐水、复方氯己定含漱液以及聚维酮碘含漱液漱口，局部治疗见效较快，还可以预防继发感染。另外还可以局部用止痛药膏擦拭，比如局部涂抹利林可霉素利多卡因凝胶，可以起到一定的止痛效果。