口腔溃疡实际上可分为复发性口腔溃疡、白塞氏病以及口腔创伤性溃疡，通常可挂口腔内科，根据具体的情况也可选择其它科室。但如果口腔溃疡长期不愈合，出现菜花状硬质凸起，可能属于癌性溃疡，应到口腔外科就诊。
对于复发性口腔溃疡、白塞氏病以及创伤性溃疡，可挂专科医院的口腔黏膜科，或者综合医院的口腔内科，如果属于结核性溃疡，可能需要挂结核病相关的科室，如感染科等。如果是白塞氏病，还可以挂免疫系统相关的科室，如风湿免疫科，而对于颌骨或牙齿异常引起的创伤性口腔溃疡，还可以到口腔正畸科或口腔外科就诊，进行正畸治疗等。
如果口腔溃疡长期不愈合，溃疡表面出现糜烂，呈菜花状，触之较硬，则可能属于癌性溃疡，此时需挂口腔外科，部分医院称之为口腔颌面外科或者口腔颌面头颈肿瘤科，如果确定属于癌性溃疡，需要及时通过手术进行切除。