尖锐湿疣3个月不复发可能转阴，但也有可能复发，此时可能不转阴。尖锐湿疣是人乳头状瘤病毒感染引起的肛门、肛周、外生殖器疣，是一种性传播疾病，治疗主要以去除疣体为主，并没有治疗人乳头状瘤病毒的特效药。感染人乳头状瘤病毒后，部分患者可通过治疗或是自身免疫清除病毒，从而转阴。但是尖锐湿疣3个月不复发并不意味着转阴，仍有复发的可能。
1、可能转阴：目前临床上有通过外用药物治疗、物理、手术方法治疗尖锐湿疣3个月后转阴的病例，但转阴率不一致且例数较少，通过HPV-DNA检测，人乳头状瘤病毒在基底细胞处于低拷贝时，小于检测下限均认为是阴性，目前尖锐湿疣经治疗后6个月不复发即为临床治愈，但并不是实际意义上的转阴，一旦机体免疫力低下，或有其他刺激因素时又可以激活病毒。真正的清除人乳头状瘤病毒转阴需要通过自身免疫，自身免疫清除人乳头状瘤病毒一般在2年左右；
2、复发：尖锐湿疣是由人乳头状瘤病毒感染引起，主要是HPV6型和HPV11型，可表现出疣体，临床进行系统性的抗病毒治疗后，并不能杀死潜伏在基底细胞中的人乳头状瘤病毒，是尖锐湿疣反复发作的原因。目前尖锐湿 疣痊愈以疣体去除、症状消失、治疗后6个月不复发为标准，但并不是一定代表体内的人乳头状瘤病毒清除转阴。3个月尖锐湿疣没有复发，但还未达到临床治愈标准，则有复发可能，随着时间的延长，复发率可逐渐下降。