吃了阿莫西林头疼可能是由于药物不良反应造成的，但头疼不一定是吃了阿莫西林后的药物作用引起。头疼可能是由于睡眠不足、过度劳累、病毒性感冒、偏头痛、脑部肿瘤等引起，但头疼症状是在吃了阿莫西林后发作，让人误以为是吃阿莫西林导致。
1、药物不良反应：吃了阿莫西林头疼可能是由于自身对药物成分过敏，从而引发的不良反应，此时还可能出现头晕、乏力、发热等现象；
2、睡眠不足：近期长时间熬夜、睡眠障碍等原因导致机体睡眠不足，由于大脑无法得到充足休息，可能会出现吃了头疼的症状；
3、过度劳累：由于长时间从事重体力劳动或运动过量，会导致头部耗血、耗氧增多，容易引发血管收缩痉挛，从而出现头疼的症状。
4、病毒性感冒：病毒性感冒多是由于病毒感染引起，由于病毒侵入人体后会释放大量毒素，会刺激大脑神经，从而出现头疼的症状，并伴有流涕、咳嗽、发烧等现象；
5、偏头痛：由于遗传因素、精神因素等原因，可能会引发偏头痛，出现头疼的症状；
6、脑部肿瘤：如果自身存在脑部肿瘤，由于肿瘤细胞不断增殖扩散，可能会侵袭脑 部神经及血管，容易出现头疼的现象。在服用阿莫西林后，由于药物刺激也可能会出现头疼症状加重的现象。