病毒性口腔溃疡多数是由单纯疱疹病毒感染引起，临床上一般采用口腔的局部治疗与全身的抗病毒治疗。具体药物应在医生指导下使用，避免盲目用药，以免出现不良反应。
1、局部治疗：可遵医嘱应用聚维酮碘含漱液、复方氯己定含漱液等，此外可使用口腔溃疡散、冰硼散等涂抹于溃疡面，以促进愈合，或使用重组人表皮生长因子凝胶等，这些药物均具有缓解症状的效果。若溃疡面疼痛难忍，也可应用林可霉素利多卡因凝胶、复方苯佐卡因凝胶等进行止痛；
2、全身治疗：可在医生指导下应用抗病毒药物进行治疗，药物主要包括阿昔洛韦、盐酸伐昔洛韦、泛昔洛韦等。不同的药物，其治疗疗程与时间也不同，具体应遵医嘱使用，不要自行增减药量或停药。
建议病毒性口腔溃疡患者在患病期间保持清淡饮食，适当增加富含维生素食物的摄入量，比如新鲜的蔬菜、水果。另外还需要规律作息，避免熬夜。