脊索与脊椎均位于机体的背部，对机体具有较好的支撑保护作用。脊椎是脊索出现后才逐渐产生，但脊索不是脊椎，二者在组成、分布等方面具有一定区别。
1、组成：脊索来源于胚胎时期的原肠背壁，经加厚、分化、外突，最后脱离原肠，由富含液泡的多泡状角质细胞所组成的坚韧、半透明、有弹性的圆柱形不分节结构，外围有脊索细胞所分泌形成的结缔组织性质的脊索鞘。脊椎是由脊椎骨组成的柔软又能活动的骨性结构，包括颈椎、胸椎、腰椎、骶骨、尾骨共26块脊椎骨，脊椎自上而下可见颈、胸、腰、骶四个生理性弯曲，分别称颈曲、胸曲、腰曲、骶曲，其中颈曲和腰曲凸向前，胸和骶曲凸向后；
2、分布：脊索主要终身保留于低等的脊索动物中，如文昌鱼，位于其消化道背面、背神经管腹面。脊椎动物中的圆口类脊索也终身保留，其他类群只在胚胎期出现脊索，后来被脊柱所取代。脊椎位于背部正中，上端接颅骨，下端达尾骨尖，主要存在于脊椎动物中，人类背部颈部、胸部、腰部、骶部、尾部可触及的一连串骨，称作脊椎骨，或简称为脊柱，而不称为脊索。