空孕囊通常是由于胚胎停育导致，胚胎停育后空孕囊一般不会一直长大，多会逐渐萎缩，变为不规则的形状，或者不断缩小，最终使孕妇发生流产。
空孕囊可能与遗传因素，例如胎儿存在先天性遗传疾病有关，此时可导致无法继续生长和发育，免疫、感染、放射线等，也可能会导致胚胎死亡，孕囊中没有胎心或胎芽，就会出现空孕囊。当胚胎停止发育后，孕妇体内的激素水平会逐渐下降，而妊娠无法通过激素进行维持，随着激素水平不断下降，空孕囊一般不会一直长大，会萎缩变小，最终导致流产。如果孕妇日常月经比较规律，停经并确定妊娠后7周以上还没有看到胎芽和胎心搏动，一般考虑空孕囊，胚胎停育的可能性比较大。建议过7-10天后再次复查B超，通过两次检查还是看不到胎芽和胎心搏动，通常可以确定是胚胎停育，建议及时采取清宫处理。
男女双方在怀孕之前需要进行染色体检查，女性可以检查免疫方面，例如抗精子抗体、抗心磷脂抗体等，发现问题后及时治疗。同时，孕前三个月应尽量不生病、吃药、做X光检查等。