鸡蛋煮久了蛋黄发黑，有两种可能性，一种是蛋黄与蛋白接触面发生了化学反应，产生了硫化亚铁，导致蛋黄表面发黑。这种情况一般只有蛋黄表层会出现，内部依然是黄色，可以吃，但不建议经常吃。另一种是鸡蛋在煮之前已经发生变质，进而使蛋黄发黑，这种鸡蛋不能吃，以防食用后出现中毒反应。
鸡蛋煮久了，蛋白中有较多的半胱氨酸转化为丝氨酸，同时产生硫化氢，而蛋黄中有大量铁离子，硫化氢与铁离子发生化学反应，产生硫化亚铁，进而使蛋黄与蛋白接触面发黑。硫化亚铁无毒，且不易消化、吸收，这种情况的鸡蛋可以吃，但因为鸡蛋煮久了容易使蛋白质结构更加稳定，不利于吸收，也会影响食用口感，因此不建议经常吃。
如果鸡蛋储存时间过久，可能在煮之前就已经发生变质，因而也会出现蛋黄发黑的情况，但是这种情况的鸡蛋通常是蛋黄内外全部发黑，且有异味，不能吃，否则会导致腹痛、腹泻等不适症状，严重者还可导致食物中毒。
水煮蛋一般建议沸水煮8分钟左右为好，此时鸡蛋食用口感较好，且营养吸收率也较高。此外，建议不要一次性购买太多鸡蛋，吃不完的鸡蛋应放在冰箱冷藏保鲜，放置过久时，不可再食用。